Можно ли как-то создать более пяти списков источников для новостной ленты Вконтакте? Или как-то еще разбить группы и паблики по тематике для удобства.

Можно. В новом дизайне лимит пользовательских новостных списков увеличен до десяти. Если у вас ещё старый дизайн, то рекомендую перейти на новый, написав заявку для его включения в команду поддержки ВКонтакте.