В первом случае (что читать) может быть вредно во всех смыслах и отношениях. Вы можете взять книгу, которая плохо написана или же материал, который излагает автор, ложный. Книга может вызвать у вас неприятные эмоции, расстроить (я не имею в виду катарсис).
Во втором случае (как читать) может быть вредно, например, если вы изучаете научный трактат для подготовки к написанию дипломной работы поверхностно. Или же лёгкую книгу, которая предназначена исключительно для развлечения (всеми "любимая" Донцова, например), вы изучаете глубоко, анализируете проводите параллели. В первом варианте вы не получите нужной глубины и упустите много важных моментов. А во втором вы потратите время зря.