Ноги, понятное дело.
В наибольшей степени икроножные и камболовидная, бицепс бедра.
Затем ягодичная и квадрицепс.
Ну и совсем немного портняжная и остальные мелкие.
Это если речь идет о классическом беге. При беге по лестнице, например, совсем по другому нагрузка распределяться будет.
Во время бега большая часть нагрузки приходится на переднюю поверхность бедра. НО, в работу включены не только все мышцы ног, а так же пресс, руки и мышцы спины. Это очень эффективный и качественный вид нагрузки, при котором можно получить идельно сухое тело, если заниматься им постоянно.