Здравствуйте!
Если Ваши данные находятся на другом локальном диске, а не на том, где у Вас установлена Windows, то данные сохранятся. Приложения, к сожалению, нужно будет устанавливать заново.
Все зависит от способа обновления выбранного вами. Если обновлять без форматирования жесткого диска, все данные останутся. В том числе приложения. Я рекомендую приложения удалять, оставляя лишь медиа и документы.