От чьего имени выдается справка о подтверждении факта перелета - от имени агентства или авиакомпании?

Такую справку вам может дать авиаперевозчик (авиакомпания), только у них есть все данные о пассажирах на рейсе. Агентство продает авиабилеты, но не ведет учет пассажиров, они даже не знают, попали ли вы на рейс.