Чтобы стать участником Master Card или Visa и иметь возможнлсть выпускать для клиентов пластиковые карточки, банк должен подписать договор и внести гарантийный депозит. Средства списываются с этого депозита, как только клиент банка расплачивается карточкой. Отвечая на вопрос: деньги появились в электронных платежных системах, когда первые банки перечислили свои гарантийные депозиты.
Деньги появились на счетах банков путем внесения наличных. А платежные системы всего лишь проводят платежи - грубо говоря оформляют запись о списании со счета одного банка и поступления на счет в другом.