Откуда у ЦЗН данные по уплате 2-НДФЛ по договорам ГПХ, и на каком основании это доступ?

Здравствуйте.

1) Федеральной налоговой службой и Федеральной службой по труду и занятости 25.11.2016 г. подписано соглашение об информационном обмене № ММВ-23-2/24@ в т.ч. и в отношении работников, осуществляющим деятельность в соответствии с гражданско-правовыми договорами (см. раздел II данного Соглашения). 

2) В свою очередь в ФНС данные о доходах и уплаченных с них налогах, в т.ч. выплаченных  работникам по гражданско-правовым договорам попадает из представляемой работодателем в налоговый орган отчетности (расчет 6-НДФЛ).

Таким образом, обмен данными между ЦЗН и ФНС соответствует законодательству РФ.