Итак, первый вопрос - про Византию и Плифона. Здесь ничего особо странного нет: Плифон просто внимательно читал античные источники. А принимать античную философию всерьёз, в особенности Платона и неоплатоников, без учёта её религиозной составляющей невозможно.
Поэтому Плифон, как и последовавшие по его стопам философы итальянского Возрождения, не столько был язычником в строгом смысле слова, сколько последовательно принимал античное философское мировоззрение. Всё остальное, включая и проект религиозной реформы, предложенный Плифоном, вытекало из этого.
Теперь что касается Харрана. С этим городом всё было очень даже так. В VIII - X вв. он был одним из главных центров науки и образования, там активно читались и переводились античные философские, астрономические и медицинские тексты.
Местные жители (называемые в некоторых источниках сабиями) имели собственную религию, включавшую поклонение небесным телам. Судя по всему, они не были "язычниками" в строгом смысле этого слова, а исповедовали религию, впитавшую элементы раннего христаинства, иудаизма, гностицизма и герметизма. По одной из версий, жители Харрана были в действительности последователями мандеизма (религии, существующей и по сей день на Ближнем Востоке).
В Коране о них говорится (5:69): "Воистину, верующие, а также иудеи, сабии и христиане, которые уверовали в Аллаха и в Последний день и совершали праведные деяния, не познают страха и не будут опечалены". Поэтому исламские правители относились к религии жителей Харрана достаточно терпимо, хотя конфликты на религиозной почве иногда имели место. Город был разрушен только в середине XIII в. в ходе нашествия монголов.