Неправильное педалирование -- через силу. Неправильно подобранная высота сиденья -- нога не выпрямляется почти полностью при педалировании, или наоборот слишком выпрямляется.
Если случай не запущенный, то укрепление мышц ног. Ни в коем случае не полные приседания, когда нога полностью сгибается в колене. В основном укрепление мышц бедер, которые будут недопускать сужения суставной щели колена.
Если катания долгие и по жаре -- правильный режим питья. Если по холоду или дождю -- защита коленей от холода.
Проблема с суставами. При активной езде на велосипеде, при любой возникающей проблеме с коленями сразу обращайтесь к специализированным врачам. В основном проблемы всегда серьезные и легко лечатся только на ранних этапах. Очень много у меня знакомых спортсменов вынужденно отказались от велосипеда из за поздно выявленных проблем с коленями.
Колени могут ныть из-за неправильного выбора передач при езде. Затяжеление и выламывание, выбор сложных передач.
Научитесь использовать правильную частоту педалирования. Крутите минимум 60-70 оборотов в минуту. Первое время непривычно, но потом будете получать удавольствие от езды и забудете о болях в коленях.