Судя по всему, единого принципа нет — всё зависит от настроения сотрудника и его любви к аккуратности и порядку. Кто-то всегда, например, ставит штамп при вылете из России и прилёте в страну только на последней странице паспорта; кто-то — по всему паспорту. Кто-то ставит штамп на свободной странице рядом с визой и строго по порядку, кто-то — как придётся.
Чтобы компенсировать этот скучный ответ, расскажу интересный факт: в некоторых странах на контроле в паспорта не ставят штампы, а клеят стикеры. Например, в Непале:
А вот тут можно посмотреть, как выглядят штампы и стикеры, которые ставят и клеят на паспорта в разных странах мира.