Потому что вопрос о свободе воли не особо связан с вопросом о существовании богов в каком бы то ни было виде.
Можно считать, что бог есть, и он даровал человеку свободу воли, и теперь он может в ситуации выбора принимать различные решения.
Можно считать, что бога нет, человек сформирован естественным отбором, и в результате оного его психика работает таким образом, что в ситуации выбора он может принимать различные решения.
Можно считать, что бог есть, он уже прописал всю судьбу всего человечества, и свободы воли нет.
Можно считать, что все решения полностью детерминированы совокупностью внешних обстоятельств, поэтому любое решение предопределено исходными данными, а значит, нет и свободы воли.
Утверждение, что представление о свободе воли следует из представлений о существовании бога попросту ложно.
Атеизм никак не связан с материализмом. Более того - он является верхом идеализма. Посудите сами - верующие вкалывают в плане своей праведности за Рай. Атеисты - за пустоту и ноль. То есть творят добро без награды. Без ожидания продолжения мира. Атеисты намного праведнее верующих, если они хорошие люди. И намного идеалистичней, конечно.
Что-то тут все намешано. Материализм не всегда атеизм (высшее существо может быть в философских учениях и особой материей). Отрицание свободы воли - это детерминизм. Все предопределено. Может встречаться, как в материализме, так и в идеализме.