почему: кол-колоть, коса-косить, пила- пилить, но :топор-рубить, нож-резать??

Если говорить в целом, то потому, что естественный язык — это не формальная система и он не развивается по формальным правилам. Он эволюционирует, и словообразование в нем происходит в разных случаях по-разному.