Потому что это два абсолютно разных инструмента, хоть и с похожим принципом работы. В одном произведении баян и аккордеон могут играть разные партии, естетсвенно и ноты для каждого из них писаться будут отдельно.
По той же причине, по которой отдельно пишутся ноты для срипки и контрабаса, или для фортепьяно и органа. У баяна обе клавиатуры кнопочные, а у аккордеона клавиатура мелодии сделана по фортепьянному типу.
Многие школы игры для баяна и аккордеона объединены в единые сборники. Но, наверное, это не совсем верно, потому что аппликатура правых клавиатур баяна и аккордеона кардинально различаются - кнопки и клавиши соответственно. И педагог должен самостоятельно адаптировать аппликатуру пьесы, если она взята из сборника по аккордеону, а ученик играет на баяне, и наоборот.
Вероятно, потому что это совершенно разные инструменты и играют на них тоже по-разному) Все равно что спросить почему отдельно пишут ноты для рояля и скрипки. В статье https://all-andorra.com/ru/luchshie-akkordeony-mira-istoriya-proizvodstvo-marki/ можете прочитать про лучшие аккордеоны мира, чтобы лучше понять, что из себя представляет этот инструмент.