Почему курс японской йены меньше, чем даже курс российского рубля (0,0093 доллара против 0,016 доллара) но Япония всё равно более развитая страна, чем Россия?

Потому что, в отличие от иены, за последние 25 лет рубль подешевел относительно доллара США в несколько тысяч раз (две денежных реформы потребовалось, чтобы количество нулей на ценниках не зашкаливало) и имеет склонность внезапно дешеветь раза в два, как было в 2014-2015 году.

Не на то смотрите. Сравние ставки рефинансирования. В Японии деньги ничего не стоят бизнесу потому что это инструмент, а в РФ и других ленивых странах гос-во деньги продает.