Тепло табачного дыма и находящиеся в нем химические вещества (а именно синильная кислота, образующаяся в результате горения табачных листьев) сушат ротовую полость и раздражают слюнные железы. В результате, чтобы компенсировать "осушение" рта, наступает усиленное выделение слюны, которую хочется сплюнуть.
В любом случае часть слюны попадет в желудок, что негативно повлияет на его слизистую оболочку. Проглатывание остатков слюны на количество оказанного вреда повлияет мало. Да и сам вред желудку при курении не фатален и опасен лишь при определенных болезнях (например, при язве желудка). Конечно, помимо этого при проглатывании обычно возникают неприятные вкусовые ощущения, так как слюна отравлена.
Избавляться от этой привычки или нет - вопрос не столько здоровья, сколько этикета.