Всё просто - Калининградская область была в составе Российской Федерации до распада СССР, следовательно и после распада СССР остался в ее составе. А литовцам вполне хватило территориальных приращений из без Калиниградской области - по итогам пакта Молотова-Риббентропа к Литве прирезали Виленский край (который принадлежал Польше), а по итогам Версальского мира - Мемельланд (входивший до формально входивший в состав Пруссии до 1923, а фактически - до 1918).
Все просто, после войны из Калининграда начали депортировать немцев и засеоять его РУССКИМИ, поэтому его и включили в состав советской России. Ну и при распаде понятно почему