Основная проблема ФСКН как ведомства была относительная неэффективность при достаточно больших денежных вливаниях и штате сотрудников. Довольно наглядное сравнение провел Институт проблем правоприменения, из их доклада очевидно, что не смотря на то, что ФСКН изымали более крупные партии наркотиков: (в среднем в 2–3 раза больше, чем МВД. В случае наиболее часто изымаемого наркотика — натуральных каннабиноидов — медианная масса изъятого для МВД — 20 грамм, а для ФСКН — 39 грамм, в случае героина медианный вес изъятого для МВД — 1 грамм, а для ФСКН — 2 грамма.) Однако при этом в абсолютном количестве все было не так радужно, они примерно одинаковое количество веществ изымали, а количество дел заводимых МВД в 2013-2014 году составляло 64,4% по делам о наркотиках, остальные 35,6% достались ФСКН и другим ведомствам.