Судя по всему, сходство случайное. Происхождение слова "эстроген" достаточно понятное. Это - вещество, вызывающее течку (эструс) у животных. Слово это достаточно недавнего происхождения, как и вся эндокринология в целом.
А корни слова "эстрагон" уходят куда-то в языковые дебри, и совсем не похоже, что название как-то связано с биологией.