Ну самое вероятное это ошибка в налоговых, проблема с БД, я бы в данном случае зашел бы в личный кабинет через порта ФНС и проверил начисления по трансопортному налогу и оплатил через него, если там пришел налог из одной налоговой, если проблема и там, то так же через портал можно подать заявление об двойном начисление транспортного налога.