Скорее всего, нипочему. Считается, что гемоглобин немного эффективнее гемоцианина. (Хотя бог весть, какие конкретно молекулы сравнивали: ведь существуют разные варианты обоих веществ.) Правда, для позвоночных свободный гемоглобин токсичен и поэтому у них в крови гемоглобин, в основном, содержится в эритроцитах. В итоге, свободный гемоцианин беспозвоночных в бедной кислородом среде оказывается эффективнее гемоглобина позвоночных в эритроцитах. Но у других беспозвоночных гемоглобин тоже свободен (нет никаких эритроцитов).
В общем, нет (или не видно) никаких эволюционных преимушеств гемоцианина перед гемоглобином. Но и каких-то серьезных недостатков тоже нет. Почему у одних - одно, у других - другое? Вероятно, просто так получилось. Оба белка достаточно хороши и нет причин менять один на другой, или вымирать из-за "неверного" выбора.