Прежде всего, не всегда категория одушевленности несет в себе именно значение жизни предмета, который слово обозначает. В современном русском языке одушевленность скорее привязана к грамматической форме слова - у неодушевленных существительных форма именительного и винительного падежей совпадает (см. известный казус с труп/мертвец).
Возможно другое объяснение, связанное с мифологичностью человеческого сознания. Вероятно, во время зарождения языка для древнего человека было совершенно естественно оживотворять окружающие его предметы и явления, переносить на предметы неживой природы свойства живого создания - разум, речь, способность влиять на мир вокруг себя. Так им присваивали и мифологический пол, что, разумеется, отражалось и в языке (средним родом при этом наделялись наиболее абстрактные или сакральные понятия). А позже эта категория стала настолько естественной для большинства языков, что новые слова автоматически получали род, иногда довольно случайным образом. Впрочем, ученым ответ на ваш вопрос не до конца ясен, я изложил лишь наиболее распространенную теорию.