В старину на Руси ведьмы по статусу находились вместе с проститутками внизу общества. Хотя и не преследовались по закону «…А блядям и видмам бесчестия 2 деньги против их промыслов» (из судебника XVI века). А слово колдунья появилось позднее, как производная от колдуна (колядующего) и не несет в себе такого окраса. Соответственно слово ведьма унаследовало негативный окрас.
Спасибо за ответ)