Что касается заповеди Декалога "не убий", то в переводе на церковнославянский язык первоначальный ее смысл был утерян, так как на древнееврейском языке, на котором написан Декалог, для определения действия, которое запрещается Богом для совершения людьми, использовано слово "рецах", которое примерно соответствует по значению английскому "to murder", то есть по-русски это можно выразить словосочетанием - "предумышленное убийство". Тогда как все другие виды лишения жизни человека другим человеком (например, убийство по неосторожности (неумышленное), убийство с целью защиты жизни своей и своих близких, убийство в период ведения военных действий и т.д.) - на древнееврейском языке обозначались словом "харига", что примерно соответствует значению "to kill" на английском языке. Тогда как на церковнославянском, и на русском эти два разных по сути значения почему-то не имеют отдельных слов для своего обозначения. Этим и объясняется некоторая путаница с пониманием значения этой заповеди среди людей, читающих Библию на церковнославянском или на русском языках.
Что же касается вопроса о том, почему Церковь не боролась с войнами, то тут нужно понимать, что войны велись светскими правителями, и Церковь в них не принимала участия. Она могла благословить воинов на участие в боевых действиях (например, на участие в Крестовых походах, в Реконкисте на Пиренейском полуострове, на борьбу с Игом на Руси, и т.д.), а могла не благословлять или даже анафематствовать тех или иных светских правителей, ведших неправедные, с точки зрения Церкви, войны. Конечно, в церковной истории есть эпизоды прямого участия Церкви в войнах как одной из сторон - но тут следует помнить о том, что Церковь состоит из людей с их грехами, страстями и пороками - и это нужно понимать, хотя и нельзя оправдывать.
Церковь препятствовала не только войнам между христианами, но даже рыцарским турнирам, и, в принципе, любому напрасному кровопролитию между единоверцами, особенно, знатными. Но никто ее особо не слушал, когда это было не выгодно, более того, некоторые представители высшего духовенства, например, архиепископы Кёльна были не дураки мечами помахать.