Связано это прежде всего в отсутствии конкуренции между аэропортами (Москва не в счет), в любом другом городе аэропорты ломят цены на обслуживание самолетов, керосин, стоянку. Авиакомпаниям не остается другого выбора, как заплатить, все это отражается на стоимости билетов.
Для сравнения, билеты в страны Европы очень много раз покупал за 1, 2, 3 тыс. руб из Москвы, так как в Европе большая конкуренция, и каждому большому аэропорту найдется конкурент, находящийся может чуть дальше от города, но способный предложить более приятные условия для авиакомпаний, по факту - для пассажиров.