Для начала давайте несколько уточним формулировку данного вопроса. Далеко не все старинные поселения, здания которых возведены сотни или даже тысячи лет назад, приходится раскапывать. В некоторых случаях ландшафтные географические условия способствуют тому, что целые районы городов выглядят так же, как и в момент постройки. Бывают противоположные случаи, связанные с локальными катастрофическими явлениями (например, Помпеи, территорию которых археологам приходится аккуратно расчищать в том числе от значительной по мощности слоя вулканического пепла).
Но в большинстве случаев действительно имеет место накопление культурного слоя (что, конечно, никак не связано с городскими легендами о всемирном потопе в XIX веке). Возьмем, к примеру, Новгород Великий. Мощность культурного слоя там в ряде случаев превышает 4 метра. Культурный слой состоит не просто из почвы и грунта, но также включает результаты человеческой деятельности: мусор, специально привезенный насыпанный грунт, остатки строений или, как в случае с Великим Новгородом, деревянные мостовые. Происходило примерно следующее: еще в Средние века в Новгороде регулярно укладывали деревянные мостовые, без которых перемещаться по городу значительную часть года было бы крайне затруднительно. За годы эксплуатации дерево частично гнило, погружалось в грунт и накапливало грязь на своей поверхности. Со временем мостовая полностью приходила в негодность, и требовалось соорудить новую на том же месте. Новую мостовую укладывали прямо поверх старой. В результате в некоторых местах археологами обнаружено более десятка расположенных друг под другом деревянных настилов мостовых.
Уже не говоря о многочисленных дополнительных факторах: осадка фундаментов зданий, русловые процессы в долинах рек, переотложение наносов у подножия склонов. Все это и приводит к тому, что отдельные здания существующих издревле городов и целые поселения приходится буквально выкапывать из-под земли.
Последнее, что хотелось бы отметить, человечество далеко не сразу пришло к идее о необходимости перманентного ухода за городской инфраструктурой, создании дорог и тротуаров из прочных материалов, уборки улиц и т.д. Сегодня трудно представить, что в крупном постоянно населенном городе на какой-нибудь улице или площади накопится достаточный слой материала, который сначала покроется травой, а затем уже на его поверхности будут построены новые здания и сооружения.
Я на примере своего дачного участка вижу, что уровень земли-почвы постоянно растет по разным причинам - иоей деятельности-работы или постепенно все зарастает травой или мхом.