Чтобы Яндекс признал регион за вашей компанией - надо доказать, что вы реально имеете отношение к этому региону. То есть у вас должно быть что-то физически расположенное в заданном регионе: офис, склад, представитель, хотя бы партнеры.
Отсюда и необходимость регионального номера. Да, можно обойтись и 8-800, поскольку он междугородний и бесплатный. Клиент не должен оплачивать звонок в другой город за свой счёт, вот и вся ценность 8-800. Но локальный номер крайне желателен.
Все аккаунты по регионам можно увязать в рамках Яндекс-Бизнес, но разумеется, вам придётся их предварительно подтвердить. Сначала - звонок робота с кодом, могут запросить фото вывески, видео с дорогой к офису, потом к вам, вероятно, пришлют толокера, потом толокера, проверяющего предыдущего толокера. Чем больше город - тем больше вероятность проверок, если наличие офиса реально важно в тематике.
Региональность можно задать и только через Яндекс-Вебмастер, но это самый слабый вариант: на сайте вы можете указать что угодно, но и ценность такой информации для оценки реального бизнеса низка.
Нет никакой особой необходимости писать уникальные тексты и метатеги, их достаточно шаблонизировать с подстановкой заданного города. Обычно так и делается. Однако чем более некоторые типы страниц будут семантически привязаны к заданному региону - тем лучше. А этого не всегда можно добиться шаблонами. Но всё таки со старта достаточно и шаблонов. Обычно речь идёт о подстановке заданного топонима, иногда - речь об особых ценах для региона и т.п.
Существует множество модулей для коммерческих CMS для работы с мультирегиональностью, обычно там всё продумано и реализовано хорошо. Можно посмотреть эти готовые решения хотя бы для того, чтобы повторить у себя.
Ну, и достаточно актуальным остаётся способ оценки по конкурентам, уже получившим топы в выдаче в вашей тематике: смотрите - и повторяете.
Важный момент: не забывайте о локальных каталогах и справочниках. Поисковые системы используют данные из авторитетных источников (zoon, flamp, 2gis и различных "желтых страниц"). Ссылка из региональных версий на ваш субдомен может серьёзно увеличить соответствие региону.