Да, он поклонялся именно Яхве. Бог мог явиться Мелхиседеку и сказать, что Он - единственный истинный Бог. И призвать на служение, велеть совершать Ему жертвоприношения.
Но это лишь предположения, потому Мелхиседек загадочная фигура, о которой практически ничего не известно.