Не стоит употреблять их в пищу, — лучше избавиться от поражённых плодов.
Скорее всего это фитофтороз (грибок), уничтожающий растения, с которым обычно сталкиваются дачники при выращивании различных овощных культур. Чем бы это не оказалось в итоге, лучше не стоит рисковать здоровьем :)