Формально - остались и "зеленые эльфы" (за исключением Леголаса), и авари. Проблема в том, что изменился сам мир. Эльфы по своей природе привязаны к Арде, в ней их жизненная сила.
Немного из "толкиновской" биологии: у каждого эльфа имеется "хроа" - телесная оболочка и "феа" - дух, причем "феа" изначально сильнее и стремится поглотить "хроа", в результате чего эльф станет, грубо говоря, призраком - бессмертным, но бесплотным. Нечто подобное произошло с Феанором в момент его гибели: дух просто уничтожил ослабевшее тело.
А поскольку изменившийся мир более не способен поддерживать "хроа", всех оставшихся в нем эльфов рано или поздно ждет одинаковая судьба - призрачное существование. Такая вот версия.
Остались эльфы авари и Арвэн Ундомиэль с Келеборном. Остальные - умерли или уплыли в Валинор. Эпохой позже,веком позже.. Через 200 лет семейной жизни умерла и Арвэн, после смерти Арагорна..
Трандуил со своим эльфийским народом остался в Эрин Ласгален (Зеленолесье - бывшее Лихолесье).
Кто уплыл а кто умер. И все. Пришла эпоха Людей, а у Эльфов свой путь и свой край. Правда кое кто (Перумов) имеет свое мнение на этот счет. Но мало ли кто имеет свое мнение на развитие сюжета книги, чей автор уже больше не напишет ни строки?