Стандартная chkdsk с ключами справляется на ура.
Вопрос в том, зачем диск надо проверять?
Если у него начались проблемы - его надо менять, информацию по SMART можно посмотреть speccy, например.
Какая программа проверки диска на ошибки лучше?
записать как загрузочную на флешку\болванку?