При записи голосового сообщения используется микрофон телефона, а не наушников, а при звонке - микрофон гарнитуры. Почему так?

Скорее всего, вы не дали разрешение мессенджеру на использование гарнитуры. Необходимо выдать мессенджеру это разрешение и тогда он позволит записывать звук с микрофона гарнитуры.