Программист на C#. Как подключить namespace-программы к динамически скомпилированному коду, если код работает в отдельном потоке?

Не уверен, что понял, о чём вы спрашиваете. Но к скомпилированному коду невозможно ничего добавить. Добавлять надо в текст программы, до компиляции.

Может вы просто хотите добавить в своё web-приложение вьюшку из сторонней программы?