Разрешается ли по закону перекусывать на работе помимо обеденного перерыва, например в 9 утра и перед окончанием рабочего дня?

В Трудовом кодексе ничего такого, вроде бы, нету. Во всяком случае при найме инвалидов, которым нужно есть по часам, организация таких перекусов оговаривается специально (она входит в процедуру "организации рабочего места инвалида").

Хотя может быть в коллективном договоре.

Но аргумент про курильщиков абсолютно резонный.