Собираю компьютер и немного запутался, что если видеокарта на PCI 3 e, а процессор на 4 ?

Да не заморачивайтесь вы так! :)
Скорости PSI-E 3.0 вполне достаточно для почти всего существующего "железа".
Да, имеет смысл взять МП с полноценной поддержкой 4.0 и установить туда соответствующий процессор.
Так же - в этом случае - вы сможете установить в соответствующий слот высокоскоростной SSD M.2 и получить от него полную отдачу.
А для видеокарт это принципиально, только если у них "усечённая" шина PSI-E 4.0 - например для RX6400-6500 - вот они на 3.0 будут работать медленнее.
Если же видеокарта использует все 16 линий или даже 8 - снижения скорости работы не будет.

Здравствуйте. Ничего менять не стоит, если в дальнейшем вы не собираетесь купить видеокарту RTX3050 или RX6400-6500 серий, только у них поддержка версии PCI-E 4 имеет разницу в производительности порядка 15-20% по сравнению с PCI-E 3, в остальных случаях можно всё оставить как есть и пользоваться в своё удовольствие.