Они не сильно отличались генетически.
Вот генетические результаты на ахейцев бронзового века (1800-1200 гг. до н. э.).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5565772
А вот на ионийцев железного (400-100 гг. до н. э.).
https://science.sciencemag.org/content/363/6432/1230
Так что их основное различие было лингивистическим.