Филология и лингвистика - это разные области гуманитарного знания. Если филология изучает мировую литературу с ее историей и теорией, систематизирует литературное наследие и разрабатывает методы анализа художественного текста, то лингвистика занимается изучением многообразия мировых языков, их происхождения и развития, выделяет в них сходства и различия, осмысляет лингвистические формулы, по которым эти языки работают. Лингвистика изучает язык, а филология - памятники искусства, которые с помощью языка создаются. Программы могут разниться только наполовину, но уверена, у этих наук совершенно разные цели. Если вы к 3 курсу поняли, что лингвистика интересует вас намного больше, чем филология, то перепоступать, конечно, смысл есть. Однако мне кажется, стоит все же закончить уже филфак, а потом, например, получить второе высшее в лингвистике.