Столкнулся с такой ситуацией. Раньше с девушкой бы так сказать на одной волне, сейчас же и во все не понимаю ее шуток и манеру общения через мессенджер. Как быть?

Убеждение, что можно понимать человека при общении по мессенджеру - одна из главных иллюзий "поколения Z". 

100% информации о человеке Вы получаете только при личном, очном общении. Даже при общении по телефону или Скайпу количество обрабатываемой Вашим мозгом информации о собеседнике сокращается в разы.

А в мессенджере или по смс Вы общаетесь не с человеком, а с буквами на экране - это следует понимать. А у букв какая может быть манера общения? Никакой.

Встречайтесь. Мессенджер или смс - средства исключительно для коротких оповещений при форс-мажорных обстоятельствах.

Ну, прежде всего, можно просто спросить как она и что делает. И чем живет, и почему именно так пишет. Однако, есть и еще причина: не слишком хорошо, например, что вы пишете "во все" раздельно. Может причина именно в этом?

Забудь о мессенджерах, это полный бред. Ты никогда не сможешь понять ее настроение и эмоции при помощи текстовых знаков. Если возможности общаться лично нет, то делай это хотя бы по скайпу, так тебе легче будет понимать ее, на основе ее поведения