Тут надо смотреть всю коробку, раздатку, перебирать и искать неисправности. Причины вибрации могут быть:
Проверить промвалы, может кривые.
Проверить вторичные валы.
Проверить опоры движка.
Проверять подшипники.
Проверять нужно как затянута гайка вторичного вала. Проверять, вращая вторичный вал и поочередно включая передачи.