Река Катунь имеет 254 притока.
К основным притокам относятся: Каменка, Талица, Кокша, Дубровка, Березовка, Майма, Ая, Соузга, Устюба, Чепош, Емурла, Узнезя, Аюла, Чемал, Бертка, Бийка, Каспа, Чеба, Эдиган, Ороктой, Улюта, Большая Аяла, Байтыгем, Каянча, Большой Ильгумень, Карасу, Иня, Чуя, Аргут, Казнахта, Берткем, Аккем, Тургунда, Тюнгур, Кураган, Акчан, Большая Теректа, Окол, Кастахта, Кайтанак, Большой Быструха, Зелёнка, Луковка, Тихая, Озёрная, Быстрая, Ускучевка.