Одна из версий, что название произошло от тюленей. Ведь эти острова расположены на озере Байкал, а там много байкальских тюленей - нерп, они вылезают из озера греться на суше, и на этих островах порой можно видеть целые лежбища.
Местные жители называли нерп "ушканы", так и закрепилось это название за островами, а потом официально было внесено в географические карты.