Если Windows установлен на любом другом диске и если при переустановке Windows вы не форматируете другие диски - то ничего не удалится. Спокойно устанавливайте Windows на диск С, не переживайте за остальные. Только установку Винды по возможности выбирайте в ручном режиме и сами указывайте, куда её ставить.