Да, срок минимального владения объектом недвижимости не прошел, декларацию подавать и налог платить нужно.
Расчет налога (по фактическим расходам на приобретение объекта собственности):
Доходы от продажи (4,1 млн. руб., но не менее 70% от кадастровой стоимости квартиры) - расходы на приобретение (2 млн. руб.), которые вы должны подтвердить документально = 2,1 млн. руб. *13%=273 тыс. руб.
Если в этом же году приобретаете другую квартиру/дом, по которой уже сможете получать имущественные вычеты (2 млн. руб. со стоимости самого объекта собственности + 3 млн. руб. с процентов по договору займа), то можно будет в декларации за 2020 год провести взаимозачет (одновременно показать налог к уплате и заявить свое право на получение имущественного вычета) и по факту не уплачивать налог либо существенно уменьшить его к уплате.