Светодиод на материнской плате отображает корректную работу самой платы. Раз светится - значит плата работает исправно. Также, как одиночный сигнал из встроенного/подключённого пьезодинамика на плате. Кстати, при желании отключается в BIOSе (UEFI). К дискам это отношения не имеет.