Неизвестно. Зависит в том числе от того, что спрашивающий понимает под пространством. Если это область свободная от массы, то между атомами везде такая есть. И её больше, чем областей в атомах. Это достаточно примитивный ответ, который не то, чтобы неверный, но имеет много оговорок, которые сводят на нет его ценность.
Первое это пустое пространство или пространство-время? Можно ли любой отрезок времени называть"пустым"? Кто знает, я нет.
Везде есть вероятность появления электрона по законам квантовой механики. Можно ли называть "пустым" пространство, где с некоей вероятностью может появиться частица. Причём, когда говорят о вероятности появления, это означает, что она там вроде как уже есть, но зафиксировать невозможно пока не столкнётся с наблюдателем. Это трудно не то, что сформулировать, но и представить. Представляют как облако "размазанного" электрона (я тут про электроны в основном, но касается и любых других частиц).
Поля вроде электромагнитного есть везде. Если в "пустом" пространстве есть поле, оно пустое или нет. Ответа нет. Кто как хочет, так и думает.