Не скажу за youtube, но качество аудио определяется по битрейту аудиодорожек ролика. То что youtube перекодирует видео в автоматическим режиме, конечно же влияет на качество именно видео. Но мне думается, что аудиодорожки он не перекодирует. На то есть несколько причин, как минимум одна из них - аудио занимает очень малый объем относительно видео, и смысла его перекодировать нет.
Посему предположу, что качество звука не меняется относительно разрешения видео.