Здравствуйте! При удалении аккаунта из Яндекс Ключа вы не разлогиньтесь из аккаунта на других устройствах.
Чтобы использовать Ключ для одного аккаунта на нескольких устройствах, можно сделать резервную копию (
https://yandex.ru/support/id/authorization/twofa-copy.html) данных Ключа (такая опция есть в настройках приложения) и затем восстановить данные из нее на втором устройстве. После этого генерировать пароли для нужного аккаунта можно будет на любом из этих устройств.