Как понять слова о творении земли и неба в Библии?

Небо и земля это духовная и материальная составляющие Вселенной, как Вы верно заметили, причём сотворенное небо можно назвать духовным только относительно грубой материи, но относительно Бога оно таковым не является. Геометрическая основа нашего мира это круг или шар, планеты вращаются вокруг звезд, планетные системы вращаются вокруг центра галлактики. Даже в Библии об этом идёт речь:

Он есть Тот, Который восседает над кругом земли, и живущие на ней – как саранча пред Ним; Он распростер небеса, как тонкую ткань, и раскинул их, как шатер для жилья. (Ис.40:22)

То есть, пока существует движение по кругу, существует жизнь во Вселенной. И мы знаем из физики, что четвертым измерением Вселенной является время, а из богословия знаем, что все сотворенное связано временем, включая ангелов. Но то, что связано временем, не может быть вечным и рано или поздно подлежит разрушению или трансформации. Поэтому Бог и творит новое небо и новую землю, но по совсем другим принципам. Обратите внимание, что форма нового Иерусалима - куб (Откр.21:16). Также стоит обратить внимание на отсутствие небесных тел в новом мире (Откр.21:23), в частности Солнца - объекта, без которого жизнь в нашей Вселенной невозможна. А ещё в Откровении есть такие строки:

И клялся Живущим во веки веков, Который сотворил небо и все, что на нем, землю и все, что на ней, и море и все, что в нем, что времени уже не будет. (Откр. 10:6)

Таким образом, в новом мире не будет и времени. Творение, достигшее такого состояния действительно приблизится к Творцу, "Который обитает в неприступном свете" (1Тим.6:16).

Что касается моря или воды, то в Библии они часто символизируют собой ад или смерть:

Тогда отдало море мертвых, бывших в нем, и смерть и ад отдали мертвых, которые были в них; и судим был каждый по делам своим. (Откр.20:13)

Здесь говорится не о земном море, здесь море, смерть и ад - синонимы. К тому же, троекратное погружение крещаемого в воду символизирует трехдневное пребывание Христа во гробе и сошествие в ад. Речь идет об аде не вечном, а находящемся в пределах нашей Вселенной. Поэтому все кто не записан в книге жизни, после конца мира и Суда будут брошены также в озеро, но уже в огненное и вечное (Откр.20:15).