Добрый день. Конечно если речь не идёт о частной перевозке за "нал", выставление счета обычно происходит вне зависимости от результата доставки. А вот с его оплатой уже может быть по разному. К примеру при наличии актов и записей в трн предполагающих возможность официальной претензии можно договориться о зачёте суммы или части суммы счета в счёт поврежденного утерянного груза. Если речь об артикулярной приёмке, здесь не просто. Дело в том что на уровне трн тк отвечает за сохранность грузовых мест, то есть упаковки. Доп ожидание желательно оговаривать заранее во избежание конфликта. С подписанием акта о недостаче вложений-может последовать отказ или приписка о сохранности упаковки.