У каждой технологии есть плюсы и минусы. Воздушные системы охлаждения хорошо справляются с рассеиванием тепла до 250W. Просты в монтаже и обслуживании.
Водяные системы охлаждения более производительные, бесшумные. Но требую более сложный монтаж и обслуживания. Можно еще упомянуть, что жидкость в дешевых водянках может быть токопроводящей, про последствия такого протекания говорить не стану.
P.S. Если не нужно экстремальный разгон/охлаждение, и нет задачи сделать бесшумный компьютер, выбор за воздушными системами.