Какие есть достоверные научные доказательства макроэволюции?

Достоверные доказательства макроэволюции нам дают такие науки как палеонтология, эволюционная генетика, эмбриология. Ну и немножко - анатомия с физиологией. 

Некоторые люди, плохо освоившие СТЭ в школе - полагают, что макроэволюция связана с моментальным превращением одного вида в другой, в нарушение всякого принципа причинности. 

Они не понимают двух-трёх важнейших вещей! 
Макроэволюционные процессы ОЧЕНЬ длительны 
Для макроэволюционных процессов - нужны особые экологические условия, отсутствующие в современной биосфере. 
И если с длительностью протекания макроэволюционных процессов - всё ясно, то второй пункт постараюсь осветить подробно. 
Крупные систематические единицы, такие как класс, формируются при возникновении адаптаций широкого профиля, поднимающих организм на новый энергетический уровень (ароморфозы) , что позволяет им освоить новую АДАПТИВНУЮ ЗОНУ. А вот все имеющиеся адаптивные зоны нашей планеты - уже освоены и поделены. "Ароморфно" эволюционировать просто НЕКУДА!  Поэтому новое образование надвидовых структур, возможно только в случае глобального вымирания, и запустевания уже имеющихся адаптивных зон. 

В начальном процессе эволюции Жизни на нашей планете - Жизнь всё время открывала для себя новые адаптивные зоны. От придонного существования к пассивному парению  и активному движению в толще воды. Выход на сушу. Освоение  участков почвы и атмосферы. 
Теперь всё занято… 

Каким образом идёт освоение новой адаптивной зоны? 
Для начала, она должна быть, - эта неосвоенная адаптивная зона… Которая ДОСТУПНА для освоения её живыми организмами. 

При наличии такой зоны, и возможности освоения - между организмами, имеющими принципиальные потенции для такого освоения - возникает конкуренция. Они начинают накапливать "пакет ароморфозов", позволяющий освоить эту нишу.  Пакет состоит из ведущего и сопутствующего ароморфозов. Это, по словам В. Красилова - напоминает оформление патента на изобретение… Кто первым успел набрать полный пакет - тот и освоил новую адаптивную зону.  Обычно, эти пионерные виды слабо специализированы, что даёт им широкие возможности эволюционировать микроэволюционно, заполняя экологические ниши адаптивной зоны.  

Классическая схема процесса - по Северцову.

Внутри адаптивной зоны - каждая популяция, взаимодействуя с другими популяциями в рамках сообщества, формирует свою уникальную экологическую нишу.  В зрелом сообществе все доступное экологическое пространство поделено между нишами популяций данного сообщества. Таким образом, дальнейшая эволюция может происходить только в направлении специализации в пределах своей ниши. 

Любая попытка расширить собственную нишу (включить в нее новые виды пищи и места обитания) обостряет конкуренцию с соседями. Причем вид, посягнувший на чужой «кусок хлеба», оказывается в невыгодном положении: его конкуренты долго приспосабливались к своему занятию, он же приходит на новое для себя поле, не обладая специальными «инструментами» и умениями. Вот почему основной эволюционной стратегией в таких условиях становится все большая специализация — сосредоточение на «своем» деле, а виды в сообществе все плотнее притираются друг к другу.  На этом пути АРОМОРФНАЯ перестройка организма, с образованием надвидовых структур - невозможна.  Соответственно, невозможны макроэволюционные процессы.  Специализация - тупик прогрессивной эволюции с образованием надвидовых структур. 

Специализированные межвидовые связи представляют собой продукт совместной истории; в них зафиксирован прошлый опыт взаимодействий видов (и их предков) друг с другом и с окружением. В этом отношении они подобны системам корреляций в организме, также имеют эволюционную природу и также неизбежно частично разрушаются при преобразованиях системы. 

Например, цветковые растения ориентируются на определенные виды опылителей и даже вырабатывают специальные приспособления, чтобы не допускать в цветок посторонних насекомых, хищники совершенствуют приемы охоты на ограниченный круг жертв, паразиты формируют сложные жизненные циклы, повышающие вероятность встречи с хозяином. Эволюция идет все медленнее и во многих группах почти останавливается: «конструкция» организма доведена до предела своих возможностей, любые отклонения оказываются невыгодными. 

Под влиянием естественного отбора биоценозы приобретают характер устойчивых саморегулирующихся систем с обратной связью, регуляция которых - ценотический гомеостаз - осуществляется посредством внутрипопуляционных механизмов (отдельно для популяций каждого вида) и на уровне целого биоценоза путем так называемой канализации трофических цепей, под которой понимается повышение их устойчивости за счет развития резервных "обходных путей" для передачи потоков вещества и энергии при нарушении каких-либо звеньев основной цепи.  

Эволюция в пределах адаптивной зоны - МЕДЛЕННАЯ, достаточно постепенная..  "Затухающая". Как раз потому, что специализация видов и налаженные биотические связи организмов - тормозят сами процессы эволюции. 

Этапы эволюции организмов внутри адаптивной зоны: 

Сохранение относительно слабо специализированных видов с пионерными свойствами обеспечивает быструю регенерацию сообщества после случайных катастроф.  

И именно эти, слабоспециализированные виды - сохраняют потенцию к накоплению НОВЫХ ароморфозов и переходу в новую адаптивную зону. 
Вот этот процесс, с точки зрения продолжительности эволюционных процессов - реализуется быстро. Скачкообразно.  
То есть макроэволюционные перестройки - достаточно быстры. Чем объясняется малое количество сохранившихся переходных форм. При этом как раз таки удивляет, достаточно большое количество уже обнаруженных! 

Макроэволюционный этап филогенеза - реализуется при захвате новых адаптивных зон. Как правило, он связан с протеканием биоценотического кризиса, в том случае, если все адаптивные зоны уже захвачены. Как в нашем случае.  

В кризисные периоды 

Идёт вымирание доминантов климаксных стадий — наиболее конкурентоспособных организмов своего времени — а это ослабляет конкуренцию. 

Преимущество получают виды пионерских стадий, способные противопоставить высокой смертности быстрое размножение.

Когда бактерии и примитивные растения создали на суше почву и базу для питания членистоногих - открылась новая наземная адаптивная зона для водных позвоночных - связанная с питанием наземными членистоногими. 

"Пакет адаптаций" для занятия этой адаптивной зоны - начали набирать различные рыбы разных континентов. 

Ключевым ароморфозом для освоения суши - стало наличие конечности рычагового типа, позволяющей перемещать тело относительно поверхности земли, в условиях более высокого воздействия гравитации на организм. Сопутствующими ароморфозами - стали адаптации, связанные с воздушным дыханием, внутренним оплодотворением и защитой от высыхания, как эмбрионов, так и взрослых особей.  Земноводные освоили не все необходимые для настоящего наземного существа адаптации. Поэтому, они не сумели порвать своей зависимости от воды. Собственно, когда мы даём определение классу земноводные (амфибии) - мы и перечисляем все те ароморфозы, которые оказались необходимыми для освоения суши.  

Сушу осваивало сразу несколько филогенетических линий рыб. Поэтому в адаптивную зону "земноводные" - попали генетически разнообразные животные. Что позволило позже, сформировать на их основе и разные линии пресмыкающихся - приведших к формированию зауроморфов и тероморфов.  

И в новой адаптивной зоне - началась экологическая радиация с формированием разнообразных экологических ниш и видообразованием. Появляются новые классы,  семейства и отряды амфибий.  Темпы эволюции постепенно затихают. И на современном этапе - амфибии специализированных отрядов - уже не способны к макроэволюционным изменениям. 

Но, малоспециализированные виды амфибий - сумели набрать новый "пакет адаптаций" - который позволил им занять новые адаптивные зоны - условно назовём их "млекопитающие" и "рептилии"… И всё свершалось по той же схеме… 
По Дарвиновскому алгоритму:
НАСЛЕДСТВЕННОСТЬ - ИЗМЕНЧИВОСТЬ - ОТБОР!

Но ВСЕ эволюционные процессы класса амфибии - сводятся к микроэволюционным процессам.  

ВОЗВРАЩАЯСЬ К ВОПРОСУ АВТОРА. 
Когда вам будет нужно привести примеры макроэволюционных процессов - вам придётся приводить ИСТОРИЧЕСКИЕ примеры - формирования типов, КЛАССОВ животных (и растений) планеты. На современном этапе - макроэволюционные процессы невозможны, в связи с климаксным состоянием земной экосистемы. Только серьёзный биоценотический кризис с массовым вымиранием (не менее 2/3 видов планеты) - вновь может запустить механизмы макроэволюции.  
Как говорится - "не дай бог"! 

Это жаба Ага. Земноводное ядовито. Когда жаба волнуется, чувствует опасность, то раздувается в два раза, чтобы напугать врага. Если это не помогает, то выделяет белую слизь, в составе которой яд, стреляет ей в противника. 

Но не всё столь прекрасно складывалось у жабы. Жила себе ага припеваючи в двух Америках многие миллионы лет.

Хищные животные приспособились пожирать ядовитое земноводное. Крокодил ел и не морщился. А также некоторые птицы устойчивые к яду, крысы и лангусты. Головастиков пожирали все кому не лень. В исконном ареале популяцию жабы прореживали очень хорошо.

По оплошности  и недальновидности, люди внедрили агу Австралийский континент. 

В 1935 году в природу Австралии выпустили три тысячи жаб ага для борьбы с вредителями сахарного тростника. Но гостья осмотрелась вокруг и обнаружила массу более интересных пищевых объектов. Тьфу на вредителей тростника!  Жесткокрылылых и вонючих жуков! А понравились ей птичьи яйца, змеи, пресмыкающиеся, пчёлы, сумчатые животные. 

В Австралии, в связи с интродукцией жабы Аги,  исчезли некоторые виды редких змей, мелких сумчатых животных и насекомых. Плодятся аги быстро, Популяция сильно размножилась и продвигается на юг с бешеной скоростью. Учёные заметили крайне любопытное явление. У австралийских жаб стали удлиняться задние ноги. Теперь аги прыгают дальше, чем американские. За сутки ага может преодолеть 1,8 км. Это феноменально! 

Поскольку  численность жабы Аги в австралии стала зашкаливать, то в отличие от американских предков, головастики жабы Аги - освоили новый тип питания - каннибализм.  Эта форма поведения встречается и в южноамериканских популяциях жабы-аги. Но преобладающей она стала именно в Австралии. 

В свою очередь, биоценотический КРИЗИС, который спровоцировала жаба Ага в австралийских биоценозах - запустил не только вымирание одних аборигенных видов, но и активизацию микроэволюционных процессов других аборигенных видов животных. 

Сравнительно-анатомические доказательства есть. Еще вроде есть доказательства основанное на сходстве эмбрионов и всякие ископаемые. Зависит, от того что вы конкретно хотите увидеть? В живую макроэволюцию не покажут скорее всего никогда) а насчет окаменелостей это действительно поискать нужно